消費者文教基金會於2026年1月在台北市、新北市的連鎖藥局、生活用品店及網路電商，針對包裝標示含有「兒童專用」或「可供0～12歲兒童食用」的益生菌類食品進行抽檢。共計15件件商品，其中產地為臺灣有13件、美國及日本各有1件。檢驗結果，食品標示的部分15件全數合格，而塑化劑檢驗的部分則有12件樣品完全未檢出；但有3件樣品（「活沛多兒童益生菌」、「兒童ProBio-14益生菌口含錠」及「sinbiotik兒童益生菌」）檢出微量DEHP，惟檢出值介於0.06～0.08 ppm之間，均遠低於衛福部食藥署「降低食品中塑化劑含量之企業指引」所定之益生菌粉末監測指標值（1 ppm）。就本次15件樣品鄰苯二甲酸酯類（塑化劑）含量均符合現行企業監測指標，安全性尚屬無疑慮。
益生菌在台灣不僅是單純的營養補充品，更被許多家長視為孩童成長過程中不可或缺的保健食品。而市售兒童益生菌也精準捕捉了家長的心理焦慮，商品廣告常見「調整體質」、「打造防護罩」、「排便好順暢」等宣稱，將益生菌商品塑造成解決成長疑難雜症的萬靈丹。家長購買時往往優先考慮宣稱內容與品牌名氣，可能忽略了兒童生理系統的脆弱性，孩童的肝腎代謝功能尚未成熟，對於化學物質的耐受度遠低於成人。因此，兒童食品的「成分純淨度」應具備比一般成人保健品更高的標準。
然而，根據2025年官方監控益生菌製造業的稽查專案上最新數據揭示有「菌數縮水」與「原料逾期」等核心品質問題；2026年初國際則發生美國品牌益生菌因遭沙門氏菌污染，導致召回事件。除了上述菌種品質安全問題外，另一個被消費者關注的問題是臺灣曾經發生震驚社會的塑化劑事件，後續除了加強防範不肖業者非法添加違禁成分之外，也讓消費者意識到食品在加工與包裝過程中可能有塑化劑污染的風險。對於兒童而言，若長期微量攝取鄰苯二甲酸酯類（phthalates）塑化劑，可能導致性早熟、過敏反應加劇，甚至延緩認知發展，對兒童健康影響甚鉅。
消基會建議政府應建立常態化市售商品追蹤：雖然本次15件樣品全數合格，但仍有3件檢出微量DEHP。主管機關應持續擴大針對「兒童食品」與「高消費頻率保健品」的抽驗頻率，以掌握背景污染值的波動。「菌數縮水」、「原料逾期」、「成品保存環境與溫度」等核心品質問題也仰賴主管機關應持續定期追蹤。此外，也應適時修正監測指標：參考國際（如歐盟）最新對於鄰苯二甲酸酯類之每日耐受量（TDI）研究，適時修正「降低食品中塑化劑含量之企業指引」，特別是針對代謝能力較弱的兒童族群，應評估是否需進一步收緊益生菌與嬰幼兒輔助食品的指標值。而包材與製成的部分，除了終端食品檢驗，應進一步輔導食品加工廠針對生產線上的塑膠管路、瓶蓋墊圈等「非故意添加」來源進行清查，從源頭降低污染風險。在菌種、菌株標示方面，建議應規範除了標示菌種外，應加註何種菌株及菌株編號，且有中英文對照，以方便消費者查詢。
消基會也提醒消費者，雖然益生菌對健康兒童通常是安全的，但免疫功能低下、特殊體質的兒童在有食用需求前，應先諮詢醫師意見。另外，消基會也提醒，根據我國食品成分標示原則，含量越多的成分排在越前面。建議選購菌種及菌株標示完整者，因為不同的菌株有不同的功能。另外，目前標示菌數多為「出廠菌數」，而菌數可能因溫度、保存方式或時間減少，建議選擇獨立小包裝與正確存活環境，開封後應依據建議保存方式保存，且在期限內食用完畢。而選擇成分建議越單純越好，可以檢查成分表，避開額外添加的糖分（如糖漿）、人工色素、化學香料或防腐劑，若孩子會過敏，也要確保不含奶、蛋或大豆，另外，建議挑選業者自行送第三方檢驗把關品質及菌數，且主動公開有效期限內的檢驗資訊供消費者參考的商品。消基會也提醒須注意隱藏的「瀉劑」（例如：氧化鎂﹝Magnesium Oxide﹞、蘆薈素﹝Aloin﹞、番瀉葉﹝Sennosides﹞、決明子抽出物等）成分與安全性，家長應審視成分表，避免商品混入具輕瀉作用的化學添加物。
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